1951年11月，潼南区妇幼保健院的前身潼南县妇幼保健委员会成立，主要开展培训新法接生员、提倡孕产妇实行新法接生等工作。

1952年5月，潼南县妇幼保健站正式成立，配备工作人员8人，主要任务是训练接生员、开展新法接生、为儿童注射疫苗、查治妇女病等工作。

1984年1月，县保健站改称潼南县妇幼保健所。当年开始设置科室，共设3科1室：办公室、临床科、妇幼保健科、行管科。同年4月16日，正式成立保健所党支部。

1991年医院搬迁新址，又陆续增设门诊部、住院部等科室，细化了临床诊室，新开设妇科、产科、计生门诊、儿保门诊等医疗业务，全县孕产妇系统保健管理和儿童系统保健管理工作质量有了新的提高。

2007年7月，潼南县妇幼保健所正式更名为潼南县妇幼保健院。

2012年12月，潼南妇幼保健院成功创建为国家二级甲等妇幼保健院，医院迈入了快速、全面、高质量发展的快车道。

2015年5 月，潼南县妇幼保健院与潼南县人口和计划生育生殖健康中心合并，组建“潼南县妇幼保健计划生育服务中心”，加挂“潼南县妇幼保健院”牌子。

2018年10月，医院实现整体搬迁，设孕产保健部、儿童保健部、妇女保健计划生育技术服务三大业务部，内设妇科、产科、儿科、新生儿科、儿童保健科、中医科等临床科室、医技科室29个。

2020年12月，医院妇幼保健体系建设项目（二期工程）正式开工，新大楼总建筑面积达6.6万平方米，将深化拓展儿童预防、早教、康复，孕优、计划生育咨询和服务、乳腺保健、产后保健、中医馆、月子中心等业务，医院硬件设施即将迎来全面提档升级。